نوسان دمای موتور یکی از مشکلات مهمی است که می‌تواند عملکرد خودرو را به مرور زمان مختل کند. این نوسان باعث می‌شود آمپر آب خودرو به‌طور غیرعادی بالا و پایین رود و حرارت موتور به صورت کوتاه‌مدت و غیرطبیعی کاهش یا افزایش پیدا کند، که در طولانی‌مدت باعث ایجاد اختلال در کارکرد موتور می‌شود.
ریخته شدن مایع خنک‌کننده به زیر خودرو نیز از دیگر مشکلات مرتبط با سیستم خنک‌کننده است. یکی از علل رایج این موضوع، خرابی ترموستات است که باعث می‌شود مایع خنک‌کننده در بسته ترموستات گیر کند و نشت پیدا کند. ادامه‌دار شدن این مشکل می‌تواند باعث آسیب دیدن شلنگ‌های سیستم خنک‌کننده شود و لازم است هر چه سریع‌تر نسبت به رفع آن اقدام شود.
جوش آوردن موتور خودرو یکی از اولین نشانه‌های جدی خرابی سیستم خنک‌کننده است. معمولاً در ۱۵ دقیقه اول حرکت، درجه آب به محدوده قرمز می‌رسد و موتور جوش می‌آورد. این وضعیت باعث می‌شود ترموستات نتواند به درستی عمل کند و عملکرد سیستم خنک‌کننده مختل شود، که در نهایت می‌تواند به آسیب جدی موتور منجر شود.